Tutto quello che si sa di essa, come di tutte le altre chiese di S. Mauro, è quanto si legge nel noto Catasto settecentesco, più qualche altra notizia racimolata dai “libri parrocchiali” che risalgono al 1732.

Poiché suddetto Catasto fu fabbricato a scopo fiscale, nel ricordare le rendite cui godevano le singole cappelle delle chiese, se ne fa il nome. Si sa così che, oltre alla cappella principale ove era l’altare maggiore dedicato al protettore S. Giovanni Battista, la Chiesa Matrice aveva altre sei cappelle con altari secondari, dedicati a S. Mauro Abate, alla SS. Annunziata, a S. Nicola vescovo, al SS. Rosario, al SS. Sacramento, a S. Giuseppe. Ai vari altari, per la celebrazione delle messe, si alternavano i sette sacerdoti locali più qualche altro, forestiero, che non mancava mai.

Tutto questo apparato religioso ed ecclesiastico fu messo a soqquadro da un terremoto che, nel 1744, arrecò danni gravi in S. Mauro e in diversi paesi vicini.

Mentre le altre Chiese della cittadina se la cavarono alla meno peggio e fu possibile rabberciarle, la Matrice venne giù tutta quanta e fu necessario ricostruirla ad imis. Dopo circa un quarantennio, nel febbraio del 1783, si verificò un altro rovinoso terremoto che non fece danni. Il governo di Re Ferdinando IV di Borbone adottò provvedimenti di emergenza. Con decreto del maggio 1784 veniva ordinato che le rendite dei piccoli monasteri, delle cappelle e dei luoghi della Calabria Ulteriore venissero incamerate per portare sollievo alle popolazioni colpite. Si costituì un organismo detto “Cassa Sacra”. Anche a S. Mauro la Cassa stese le sue mani rapaci e grande fu lo scempio che si fece dei beni accumulati in tanti anni dalla pietà dei fedeli.

Per quanto riguarda la Chiesa Matrice furono incamerate le rendite dei beni posseduti dalle Cappelle del Rosario, di S. Mauro Abate, del SS. Sacramento; quelle dei Beneficiati annessi alle Cappelle di S. Giuseppe, della SS. Annunziata sotto il titolo della famiglia Benincasa. Furono incamerate anche le rendite delle altre chiese del paese.

Nel 1832 la povera Matrice fu abbattuta al suolo da un nuovo terremoto; le altre Chiese, meno sfortunate, come nel precedente sisma del 1744, restarono integre e furono messe a posto con piccoli lavori di restauro. La Matrice era di patronato comunale, ma, essendo il Comune povero, per ricostruirla si chiese l’aiuto del Governo che non andò a buon fine. L’onere della ricostruzione fu assunto dall’Arcivescovo di S. Severina, fra Ludovico del Gallo, di Lagonegro, un cappuccino esemplare. La spesa complessiva ascese a circa tremila ducati e fu sostenuta per intero dal pio Arcivescovo. Rimase solo la ricostruzione del Campanile. Essendo stata esorbitante la spesa per la ricostruzione della Matrice, non era stato possibile rifare il Campanile. Per tale ragione le campane furono appese a travi di legno. Nel 1855 Mons. Annibale Raffaele Montalcini, nobile di Crotone, arcivescovo di S. Severina, succeduto al De Gallo nel 1848, decise la costruzione del campanile.

La Chiesa è attualmente strutturata differentemente.

Sorge su pianta rettangolare, a tre navate. La navata centrale è sopraelevata rispetto alle altre due ed è coperta da tetto a due spioventi. Le navate laterali, più basse, ad un solo spiovente, ricevono la luce da finestre a vetri e da piccoli rosoni circolari. Lesene e cornicioni adornano la facciata.

Il Campanile, un tempo molto basso, è stato elevato nell’ultimo dopoguerra, ma non tanto da eccellere rispetto al tetto della Chiesa.

Le navate sono servite ognuna da una porta d’accesso distinta. Al di sopra della porta centrale vi si notano pochi elementi di uno stemma indecifrabile ed una nicchia rettangolare ove leggevasi una scritta, oggi cancellata dal tempo.

Nell’interno della Chiesa, partendo dalla navata di sinistra, si nota l’altare di S. Francesco di Paola. La statua, in legno di perastro o di quercia, fu scolpita da maestri forestieri verso la metà dell’Ottocento. In detta navata, al presente, non vi sono altri altari essendo stati aboliti quelli di S. Vicoli e di S. Mauro e l’ultima Cappella, un tempo dedicata al SS. Crocifisso e in seguito distrutta da un incendio, è stata chiusa di recente da un muro ed adibita a sagrestia. A questo muro, dalla parte interna della Chiesa, è stato addossato l’altare di S. Mauro che funziona da altare minore “in cornu Evangelii”. Il quadro del Santo è posto in alto, sull’altare.

L’altare maggiore, rispetto al suo sito antico, è stato spostato in avanti, tanto da portarlo alla stessa altezza dell’altre di S. Nicola. Sebbene dedicato a S. Giovanni Battista, al presente non offre quadro o statua del Santo titolare.

I due altari laterali sono in marmo verde, forse da cave calabresi, con colonnine fornite di capitelli ed intarsiate con foglie d’acanto, provenienti dall’Oratorio del Rosario, oggi non più esistente. Lungo la navata laterale di destra sono disposti gli altari della SS. Annunziata e di S. Vincenzo. Sul soffitto, al posto ove un tempo era stato fissato il grandissimo quadro del protettore, il Battista, oggi si nota una tela raffigurante l’ultima Cena. Essa proviene da una chiesa di S. Severina.